Após um diagnóstico sobre o espectro autista concluiu-se que este não exclui a possibilidade de outras psicopatologias.
A investigação nesta área está ainda no início, o principal objectivo era o de ressaltar a importância das comorbilidades psiquiátricas no autismo e Síndrome de Asperger, sublinhando a necessidade de diagnóstico precoce e tratamento. Actualmente o risco de transtornos psiquiátricos é maior em pessoas com patologias pertencentes às do espectro de autismo. A realização de um diagnóstico de autismo e síndrome de Asperger não confere imunidade a outros transtornos psiquiátricos. Uma das condições comuns é Perturbação de Hiperactividade e Défice de Atenção (PHDA), em que os problemas de atenção e hiperactividade são naturalmente observados em crianças com distúrbios no desenvolvimento e muitas vezes são ignorados.
O suicídio é também uma preocupação (Hardan Sahl e 1999), assim como, a baixa auto-estima e pouca eficiência são problemas comuns (Attwood 1998), e pode ser agravada por um QI na fronteira do intervalo de atraso mental, como é possível verificar no diagnóstico no DSM-IV (APA, 1994).
O DSM e o ICD permitem a gravação de transtornos psiquiátricos adicionais em pessoas com PEA, embora em muitas condições severas, tais como, na PHDA, não é fácil aplicar os critérios de diagnóstico.
Não parece haver uma associação entre a esquizofrenia e o autismo. No entanto, a experiência clínica sugere que os pacientes com Síndrome de Asperger por vezes passam por episódios psicóticos e, uma vez que ambas as doenças possuem um espectro talvez haja um subgrupo dentro do espectro das PEA que é particularmente propício ao desenvolvimento de psicoses, incluindo a esquizofrenia.
Outras condições vistas em pessoas com autismo e síndrome de Asperger incluem a ansiedade e os distúrbios alimentares. Os distúrbios alimentares podem incluir a anorexia, sendo que outros transtornos alimentares também podem persistir. Pode existir fortes preferências alimentares, ou mesmo a recusa a certos alimentos, sendo que uma alimentação limitada é bastante comum (1998 Attwood, Gillberg e Billstedt 2000). As perturbações psiquiátricas ocorrem em todo o espectro do autismo, tanto nas pessoas com Autismo Clássico como nas que possuem Síndrome de Asperger. Neste momento, não está claro se os doentes com autismo e síndrome de Asperger diferem no padrão e taxa de comorbilidades psiquiátricas. Pessoas com Síndrome de Asperger parecem relatar mais sintomas, possivelmente devido às suas competências verbais superiores. Uma condição que tem vindo a ser cada vez mais diagnosticada em criança que estão em hospitais psiquiátricos, especialmente em pacientes internados, são as Perturbações Pervasivas do Desenvolvimento Sem Outra Especificação (NCOP). Embora seja uma categoria pouco objectiva, que abarca indivíduos com características parcamente definidas possuem uma representação significativa relativamente às crianças com distúrbios comportamentais admitidas nestas unidades.
As razões que levam à associação das Perturbações do Espectro Autista com outras doenças psiquiátricas são variadas e dependem de factores genéticos e ambientais. As razões pelas quais algumas pessoas com PEA desenvolvem doenças psiquiátricas pode dever-se, tal como no resto da população, à combinação de factores genéticos e psicossociais. Ainda não está claro porque é que condições como a depressão e a PHDA são doenças mais comuns do que outras. As pessoas com PEA são vulneráveis aos factores de stress ambiental que advém dos acontecimentos da vida.
Uma vez que quase todas as doenças psiquiátricas têm subjacentes factores genéticos semelhantes, que podem funcionar em pessoas com autismo e síndrome de Asperger. A associação pode ser o resultado do acaso, em algumas situações, enquanto noutros, pode sugerir a existência de subtipos distintos dentro do espectro de autismo. A apresentação de sintomas psiquiátricos varia ao longo do espectro autista. Em grande medida, isso depende do nível de inteligência e de sofisticação das habilidades verbais. Os indivíduos que possuem um nível de funcionamento superior, tais como, no Síndroma de Asperger são capazes de, na maioria dos casos, fazer uma descrição mais detalhada e coerente da sua doença. No entanto, naqueles indivíduos com deficiência mental, em especial se tiverem apenas a linguagem parcialmente desenvolvida, a avaliação psiquiátrica é difícil, e está mais dependente dos relatos dos cuidadores.
Em geral, dois factores surgem como os principais indícios da presença de perturbações psiquiátricas: aparecimento de novos comportamentos desadequados, e um agravamento de “velhos” sintomas. Embora o diagnóstico de perturbações psiquiátricas em pessoas com PEA possa, muitas vezes, ser realizado tende por base os critérios de diagnóstico convencionais algumas condições como a depressão, a presença de «características especiais» podem auxiliar na avaliação. A depressão e ansiedade parecem ser as condições mais comuns que as pessoas com espectro de autismo experiência. Certos autores indicam que as condições de comorbilidade de ansiedade e depressão são os aspectos de vida mais incapacitantes no espectro autista (Ghaziuddin et al. 1998; Hare et al.2000; Raja e Azzoni 2001; Seltzer et al. 2004).